Passé le portique de Naxiens, dont les ruines s'étendent à gauche des propylées, on atteint le coeur du sanctuaire, le temenos. Trois temples consacrés à Apollon s'y succédèrent, dont les vestiges s'alignent les uns à côté des autres. À l'ouest de la voie sacrée, vous rejoignez le temple dédié à Artémis qui abrite les deux parties restantes de la statue d'Apollon Naxien (6e s. av. J.-C.). Enfin vous quittez les lieux par le portique d'Antigone Gonatas.