Aménagé sous le Mercado del Este depuis 2013, ce musée met en scène l'évolution de la culture et des modes de vie, du paléolithique au Moyen Âge, à partir des fouilles effectuées dans les quelque cinquante grottes préhistoriques de Cantabrie. L'époque la plus riche est celle du paléolithique supérieur. Y sont exposés des restes d'animaux, du mobilier, des outils, des céramiques, des monnaies... et des stèles discoïdales géantes, énigmatiques emblèmes de la culture cantabre préromaine.