À l'est de la place de Malte, dominant une autre petite placette, se dresse la plus ancienne église de Prague. Cette grande basilique romane fut érigée par les chevaliers de Malte, reconstruite en style gothique au 14e s. puis remaniée en style baroque au milieu du 18e s. Sur le maître-autel, une peinture de Skréta célèbre le rôle des chevaliers dans la défaite des Turcs à la bataille navale de Lépante, en 1571.