La plus ancienne église de Popayán (1546) a été édifiée sur l'emplacement d'une chapelle à toit de chaume consacrée à sainte Catherine et sainte Barbe. Cette petite construction a résisté à tous les tremblements de terre qui ont frappé la ville entre 1736 et 1906, mais a dû être reconstruite après celui de 1983. Au fil des ans, une nouvelle façade, une nouvelle toiture et des embellissements apportés à sa chapelle latérale ont considérablement modifié son aspect d'origine.