Seule mission restée fidèle à son objectif de départ, celui de servir la population locale d'Indiens, ce petit avant-poste situé sur les terres de la réserve des Indiens Pala a été fondé en 1815 comme branche de la mission de San Luis Rey. La situation isolée de Pala lui a épargné d'être pillé comme bien d'autres missions dans les années qui ont suivi la sécularisation, et l'Église Catholique en a récupéré la propriété en 1903. L'intérieur sombre et étroit de la chapelle cache des dessins à motifs amérindiens, restaurés après qu'un pasteur zélé les avait blanchis à la chaux.