Ce musée ecclésiastique réunit des oeuvres d'une grande valeur historique et artistique. Parmi ses trésors, remarquez la châsse de saint Isidore (11e s.), coffre en bois plaqué d'or et d'argent travaillé au repoussé ; le calice de doña Urraca, fait de deux coupes romano-orientales en onyx ; et le coffret aux émaux (12e s.), composé de 17 panneaux de cuivre habillés d'émaux de Limoges. La bibliothèque compte 800 documents sur parchemin, 400 incunables dont une bible mozarabe de 960, 1 055 volumes de livres anciens et rares du 16e s. au 18e s.