Le musée abrite des objets relatifs à la confrérie de la Ste-Maison de-la-Miséricorde, des panneaux de faïences du 18e s. et Renaissance, ainsi que les portraits des bienfaiteurs de cette institution de bienfaisance. La chapelle de la Miséricorde mérite un coup d'oeil pour la voûte du grand autel ornée de symboles religieux et profanes en lien avec les Grandes Découvertes, ainsi que la sacristie, entièrement recouverte d'azulejos. Le sommet de la tour de l'Horloge offre une splendide vue sur la ville.