La façade extérieure de la Chartreuse de Miraflores est à peine égayée par les pinacles des contreforts et les deux blasons des fondateurs. L'ensemble demeure très austère et contraste avec la richesse du décor intérieur, de la nef unique aux élégantes voûtes à clefs dorées, et surtout de l'exceptionnel ensemble sculpté du choeur, exécuté à la fin du 15e s. par Gil de Siloé. Celui-ci comprend un retable en bois polychrome, un mausolée royal en marbre blanc et un enfeu très orné qui abrite le tombeau de l'infant Alphonse.