Ce musée occupe la partie centrale d'un grand et moderne ensemble conçu par Juan Navarro Baldeweg. Il inclut aussi le Palais des congrès et un centre de recherches archéologiques. Le musée s'intéresse au gisement archéologique de la Sierra de Atapuerca, à la théorie de l'évolution de Darwin et à l'histoire de l'évolution humaine ; compare l'homme actuel avec le chasseur-cueilleur d'il y a 9 000 ans, et reconstitue les écosystèmes fondamentaux de l'évolution humaine : la forêt, la savane et la tundra-steppe.